關于多肽的一個常見的誤解是多肽像蛋白質一樣是不穩定的。事實上，多肽比蛋白質穩定得多，由于兩個影響蛋白質穩定性的要素不存在多肽合成中。這兩個要素是第三次折疊和蛋白酶的污染。
蛋白質很容易變性，由于它的三級構造是由非共價鍵聯合的，例如靜電互相作用和疏水互相作用。多肽的長度和蛋白質相比是很短；所以大多數肽沒有足夠量達到這種互相作用使之出現第三次折疊。故多肽不能像蛋白質一樣變性。
多肽只能經過共價修飾或者肽鍵斷裂被毀壞。不像蛋白質是從充溢各種蛋白酶的細胞里被純化，合成的多肽被蛋白酶污染的幾率是很小很小的。固拓生物在試驗中發現在中性pH條件下，大多數生物實驗的停止速度很慢。中性條件下細菌污染可能是一個嚴重的問題（由于多肽是細菌的一種良好的營養源）。因次，實驗里用到的溶劑過濾完全比多肽的穩定更重要。
在正常條件下，多肽溶液在室溫下能保管幾天，在4度保管幾個星期和在-20度保管若干個月或更多；凍干的多肽粉末在室溫下能保管幾個月，在-80度下保管幾年。
準確測定多肽濃度比許多人預期的要復雜。事實上，沒有一個簡單的通用辦法能用。
稱重和紫外線吸收力是兩個常用的辦法。
a. 稱重。 它只能提供粗略估量的多肽含量。多肽粉末是不容易處置的。要準確稱量少量（<3毫克）是一個問題。另一個問題是，肽能夠含有各種含量的水和即便被大范圍凍干后含有的較少水平的反離子。水的的含量范圍從約5％至20％，有的以至>40％。固拓生物試驗中，實計含量取決于多肽序列。反離子的類型和數量取決于用于多肽純化的溶劑和多肽序列。這些水分子產生的不肯定性是不能被疏忽。
b. 紫外線吸收性。假如您的多肽含有一個酪氨酸或色氨酸殘基，多肽的定量剖析就變得愈加簡單。
色氨酸在282 nm處的摩爾吸光度[1 /（M *厘米）]是5700，酪氨酸在在275 nm處的摩爾吸光度是1400。在0.1N的NaOH中，酪氨酸的-OH基團充沛去質子化。這就使酪氨酸的吸收峰為293納米。在此條件下，它的摩爾吸光度增加到2400。值得關注的是，假如肽的側鏈之間有互相作用，紫外線吸收率能夠不同。
這在小的親水性肽，這不是問題。在水溶液中，這些肽通常采用伸展構象，一切的側鏈是完整暴露于溶劑中的。但關于長的疏水性多肽，固拓生物試驗發現這種假定是不完整正確的。有時可察看到低水平聚合和折疊。出于這個緣由，我們以為，酪氨酸在0.1N NaOH中，在293 nm處的吸光度是最好的，由于在此條件下，肽是完整變性的。它獨一的缺陷是，用于濃度測定的樣品不能被恢復。
假如您的肽不含有色氨酸或酪氨酸，精確理解肽的濃度是至關重要的，獨一合理的選擇是氨基酸定量剖析。當然，這超出大多數實驗室的日常操作。
基于上面的討論，為了多肽的濃度的準確測定，我們激烈倡議在你的多肽的N-或C-末端添加一個酪氨酸殘基。
人們經常以為用乙酰基和酰胺基分別阻斷肽的兩端能增加肽的穩定性，實踐上這是不正確的。
大多數合成肽的序列都來源于蛋白質片段。在一個蛋白質中，多肽序列的N末端和C末端構成肽鍵。這不同于合成肽含有不帶電荷的兩端。帶電荷和不帶電荷的多肽的物理化學性質是完整不同的，反過來這些性質又影響多肽的功用。經過乙酰基和酰胺基分別封鎖N端和C端，這些問題能夠被處理，并且能夠使合成肽的兩端更像肽鍵。由于這個緣由，固拓生物用于抗體試驗的多肽是末端封鎖的，除非抗原位于蛋白的末端。由于相同的緣由，我們倡議顧客在停止其它功用性研討時封鎖合成肽的兩端。沒有理論支持有自在端的多肽是不穩定的。
當試圖將多肽溶解在執行多肽生物功用的溶液中時，溶解度成為關注的焦點。一切的多肽都能溶解在有機溶劑中。但是這并沒有多大的協助，由于大多數肽的研討不能再有機溶劑中進行。
肽的溶解度最終取決于它的序列。在能夠操作的條件，pH值可能是最重要的。固拓生物發現，在許多狀況下，改動1-3個pH值單位能夠使十分穩定的多肽完整溶解。過渡曲線通常是很峻峭的。在一個很窄的pH范圍內，溶液從混濁變得明澈。這可能是由于某些殘基電離狀態的改動，比方His。
還有另一個緣由使pH值調整變得重要。由于用于肽純化的HPLC溶劑含有0.1%的不能經過凍干徹底除去的TFA，收到的多肽通常含有少量的TFA。從而使得肽溶液比你預期的更具有酸性。
關于難以溶解的肽，你能夠在有機溶劑中制備更高濃度的原液，例如DMS，并且在生物功用檢測期間稀釋肽。大多數的檢測能包容1-2%的DSMO，一些以至是5%。但是這并不是總是起作用的。一些肽當從DMSO中稀釋時以至在更低濃度時匯集和沉淀。
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